La línea académico-investigativa Constituye la columna vertebral de las actividades y propuestas de la Fundación. La reflexión a partir del estudio, la investigación y el diálogo de saberes alrededor de los escritos de Etty Hillesum es una tarea central y permanente. 

Con el propósito de divulgar y formar a la comunidad, la línea académico- investigativa a través de sus equipos e investigadores se encarga de proponer  alianzas, convenios y eventos, que puedan garantizar la continuidad y el fortalecimiento de los estudios sobre Etty Hillesum. 

Actualmente la Fundación Etty Hillesum trabaja en alianza con la Facultad de Teología de la Pontificia Universidad Javeriana para desarrollar el Semillero de Investigación Etty Hillesum: Itinerario Vital e Intelectual. Esta actividad se viene llevando a cabo desde el año 2019. 

Con el apoyo de la Pontificia Universidad Javeriana, de la Corporación Universitaria Minuto de Dios, la Orden de Carmelitas Descalzos y del Instituto Carmelitano de Espiritualidad se han logrado realizar dos grandes encuentros académicos que han convocado expertos nacionales e internacionales alrededor de propuestas temáticas e investigativas que han buscado profundizar y aportar desde los escritos de Etty Hillesum. Estos dos eventos son los “Encuentros Iberoamericanos Etty Hillesum” desarrollados en 2019 y 2023, respectivamente.